L'AFDPHE est le pivot entre la CNAMTS d'une part et les Associations régionales d'autre part, ces dernières étant en partenariat étroit avec les maternités, les laboratoires, les médecins référents et les médecins de famille.
Le programme de dépistage est financé en totalité par la Caisse Nationale de l'Assurance Maladie des Travailleurs Salariés (CNAMTS). Le partenariat entre l’AFDPHE et la CNAMTS est régi par une convention nationale triennale qui fixe l’étendue du programme et son financement par le Fond national de prévention.
La mise en place se situe à trois niveaux :
- les Associations régionales qui réalisent le programme de dépistage dans la région
- l'AFDPHE qui l'organise et qui le gère
- les tutelles (CNAMTS et Ministère de la santé) qui décident de l'action nationale